在自己或者好友牧场，点击精灵，进入单只操作界面，即可“配种”，还可选择去配种站配种，配种站有更多的可配种精灵供选择。精灵配种可能会产生新的物种，这对繁衍星球意义重大。
配种仅适用于异性精灵之间，配种成功后，雌性精灵会怀孕（每季最多可怀孕3次）。精灵怀孕一段时间后产仔，这时候记得到临时仓库中去收取，以免被好友抢先。